Commuter Line Basoetta tetap melayani 64 perjalanan setiap harinya, sementara Commuter Line Merak akan melayani 14 perjalanan harian dengan perubahan jam pemberangkatan yang bervariasi antara 7 hingga 25 menit.
Selain itu, waktu tunggu rata-rata untuk perjalanan ini juga akan berkurang dari 162 menit menjadi 160 menit.
Perubahan GAPEKA 2025 juga mencakup wilayah operasional KAI Commuter lainnya. Di Wilayah 2 Bandung, Commuter Line Jatiluhur akan mengalami penambahan 4 perjalanan dan penurunan waktu tempuh.
Di Wilayah 6 Yogyakarta, perjalanan Commuter Line Yogya – Palur akan bertambah menjadi 27 perjalanan, sementara Commuter Line Prameks meningkat menjadi 10 perjalanan dari sebelumnya 8 perjalanan.
Di Wilayah 8 Surabaya, dua stasiun baru, Stasiun Boharan dan Stasiun Kedinding, akan dibuka untuk naik dan turun pengguna kereta api.
