Nama “Masjid Luar Batang” berasal dari sebuah peristiwa unik terkait jenazah Habib Husein. Jenazah beliau berkali-kali tidak bisa dipindahkan dari “kurung batang” ke area Tanah Abang, hingga akhirnya para jamaah sepakat untuk memakamkannya di area sekitar masjid.
Sejak saat itu, makam Habib Husein menjadi tempat ziarah yang ramai dikunjungi oleh umat dari berbagai daerah.
Masjid ini memiliki dua aula besar, aula dalam dan aula luar, yang masing-masing dilengkapi dengan 12 tiang pancang, mencerminkan jumlah jam dalam sehari: 12 jam siang dan 12 jam malam.
Di samping aula luar, terdapat makam Habib Husein dan muridnya, Haji Abdul Kadir, yang semakin menambah makna spiritual dari masjid ini.
Walaupun Jakarta kini terus berkembang pesat, Masjid Luar Batang tetap menjadi tempat yang menawarkan ketenangan batin.
