Beberapa rute kapal PELNI yang mengalami perubahan di tahun 2025 adalah sebagai berikut:
- KM Nggapulu
Rute Lama: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Bau-Bau – Ambon – Banda – Tual – Dobo – Kaimana – Fak Fak (PP)
Rute Baru: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Bau-Bau – Namlea – Ambon – Ternate – Jailolo – Bitung (PP) - KM Dobonsolo
Rute Lama: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Bau-Bau – Ambon – Sorong – Serui – Jayapura (PP)
Rute Baru: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Bau-Bau – Sorong – Manokwari – Biak – Jayapura (PP) - KM Lawit
Rute Lama: Tanjung Priok – Tanjung Pandan – Pontianak – Semarang – Kumai (PP)
Rute Baru: Kumai – Surabaya – Sampit – Semarang – Kumai – Semarang – Karimun Jawa – Semarang – Sampit – Surabaya – Kumai - KM Ciremai
Rute Lama: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Bau-Bau – Sorong – Manokwari – Biak – Jayapura (PP)
Rute Baru: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Bau-Bau – Ambon – Sorong – Serui – Jayapura (PP) - KM Dorolonda
Rute Lama: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Bau-Bau – Namlea – Ambon – Ternate – Jailolo – Bitung (PP)
Rute Baru: Surabaya – Balikpapan – Pantoloan – Bitung – Ternate – Sorong – Manokwari – Nabire – Serui – Jayapura (PP)
