Sejak kecil, ia dekat dengan presiden kelak Abdurrahman Wahid atau yang lebih dikenal dengan Gus Dur. Menurut Muhaimin, ia mengenal Gus Dur sebagai guru dan pedagang kacang, dan Gus Dur pernah mengajarinya bermain sepak bola.
Saat memperingati wafatnya Gus Dur pada tahun 2016, Muhaimin dalam editorial majalah Tempo bercerita tentang ayahnya yang menguburkan seorang Muslim abangan, menjadikannya sebagai contoh perilaku yang manusiawi. Muhaimin menambahkan, tulisan itu “membuat ayahnya terkenal”. Ia dan Gus Dur mempunyai hubungan kekerabatan jauh, Muhammad Iskandar sering disebut sebagai keponakan Gus Dur.
Pendidikan pria yang beristri Rustini Murtadho serta ayah 3 (tiga) anak tersebut dimulai di Madrasah Tsanawiyah Negeri Jombang dan Madrasah Aliyah (MA) Negeri 1 Yogyakarta.
Setelah lulus dari Aliyah tahun 1985, Muhaimin Iskandar melanjutkan pendidikan sarjananya di Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Gadjah Mada (UGM) dan selesai pada 1992 dalam usia 26 tahun.
Skripsinya berjudul Perilaku Kapitalis Masyarakat Santri: Telaah Sosiologi tentang Etos Kerja Masyarakat Desa di Jawa Timur. Ia melanjutkan masternya 10 tahun kemudian di Universitas Indonesia (UI) dibidang komunikasi dan lulus pada tahun 2001.
Pada tahun 2017, Muhaimin Iskandar memperoleh doctor honoris causa dari Universitas Airlangga Surabaya.
Karir Politik
Muhaimin Iskandar memulai dengan menjadi aktivis, pengurus partai, anggota dewan, hingga menjadi menteri.
