Tom Lembong dan keluarga merupakan penganut agama Katolik. Eddie Lembong merupakan adik dari Yohanes Lembong.
Tom Lembong mengenyam pendidikan dasarnya di Jerman hingga berusia 10 tahun. Sekembalinya ke Indonesia, Tom Lembong meneruskan SD serta SMP di Sekolah Regina Pacis, Jakarta.
Saat SMA, Tom Lembong pindah ke Boston, Massachusetts, Amerika Serikat.
Kemudian, Tom Lembong menempuh kuliah dalam bidang arsitektur dan perancangan kota di Universitas Harvard dan lulus pada tahun 1994.
Setelah menyelesaikan pendidikannya, Tom Lembong memulai kariernya pada tahun 1995 dengan bekerja di Divisi Ekuitas Morgan Stanley (Singapura). Tom Lembong kemudian bekerja sebagai bankir investasi di Deutsche Securities Indonesia dari 1999-2000.
Tom Lembong juga pernah dipercaya untuk menjabat sebagai kepala divisi dan wakil presiden senior di Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN) dari 2000-2002.
Kala itu, BPPN berada di bawah Kementerian Keuangan dan Bank Indonesia yang bertugas untuk merekapitalisasi dan merestrukturisasi sektor perbankan Indonesia setelah sempat mengalami Krisis Keuangan Asia pada 1998. Setelah itu, dia kemudian memilih untuk bekerja di Farindo Investments dari 2002-2005.
