Pada tahun 2006, Tom Lembong menjadi salah satu pendiri dan direktur utama sebuah perusahaan ekuitas swasta di Singapura bernama Quvat Management. Selain itu, dia juga menjadi presiden komisaris PT Graha Layar Prima Tbk (BlitzMegaplex) dari tahun 2012 hingga 2014.
Dia kembali ke pemerintahan pada tahun 2013 sebagai penasihat ekonomi dan penulis pidato untuk Gubernur DKI Jakarta saat itu, Joko Widodo atau Jokowi. Peran ini ia teruskan sepanjang masa jabatan pertama Jokowi sebagai Presiden Indonesia.
Tom Lembong adalah orang di balik layar yang menulis beberapa pidato Presiden Jokowi yang paling ikonik. Salah satunya adalah pidato “Game of Thrones” pada pertemuan IMF-Bank Dunia di Bali pada tahun 2018, dan pidato “Thanos” di Forum Ekonomi Dunia.
Setelah meninggalkan pemerintahan, Tom Lembong mendirikan Consilience Policy Institute yang secara resmi beroperasi di Singapura. Lembaga ini merupakan sebuah wadah pemikir yang mengadvokasi kebijakan ekonomi internasionalis dan reformis di Indonesia.
Pada Agustus 2021, Gubernur DKI Jakarta saat itu, Anies Baswedan, menunjuk Tom Lembong sebagai Ketua Dewan PT Jaya Ancol. Itu adalah satu-satunya Badan Usaha Milik Pemerintah Provinsi di Indonesia yang terdaftar di Bursa Efek Indonesia.
Selama karier, Tom Lembong menerima beberapa penghargaan antara lain Young Global Leader (YGL) oleh World Economic Forum di Davos, 2008, Asia Society Australia-Victoria Distinguished Fellowship, 2017, Order of Diplomatic Service Merit, First Class Second Grade (Gwanghwa Medal) – Korea Selatan (8 Desember 2020).
